Bioremediáció során a mikroorganizmusok a szerves szennyezőket bontják le, oly módon, hogy a növények számára fontos tápanyagokat (szén, nitrogén, kálium, foszfor, kén) termelnek. A bioremediáció során célszerű a már helyben a szennyezésre adaptálódott mikroorganizmus törzsek felhasználása, szaporodásuk és működésük elősegítése a megfelelő tápanyagok és oxigén-ellátottság biztosításával. Szükség esetén lehetőség van speciálisan a helyszínre kitenyésztett mikrobiológiai starterkultúrák injektálására is.